VMware中的应用备份，是采用整个虚机备份好，还是采用备份关键目录好？还有哪些更好的备份方案？

这个具体情况具体分析了

1. 一般情况下，直接备份虚拟机就可以，现状nbu或tsm这类软件，虚拟机备份模块支持cbt类型的增量备份，备份基于快照技术，实际备份非常快。恢复的时候可以按vm恢复，也可以恢复vm中的文件。
2. 还有些特殊情况，比如vm中运行大型数据库，数据量增量和负载都比较大，就建议单独按应用备份。当然，像sql server这类的应用实际上已经和虚拟机做了集成，也可以按照第一种方法备份。
3. 还有些情况，比如vm直接采用了物理存储，无法做快照，这时也不能做vm整机的备份。

1、根据你的描述，我觉得你的纠结点可能是在：如果只备份关键目录，备份数据量小，但如果发生系统级别故障无法恢复；如果整机备份，会有大量的日志这类的没必要的数据浪费备份空间；
2、这其实可能还是架构问题，在应用服务器系统环境变化不大的情况下，可以进行一次系统备份，这不需要每天做，而关键目录可以做备份策略然后实时或每天备份；
3、还有一种做法是将日志集中到日志服务器上，这样本地不会有大量应用日志，备份也可以直接对虚拟机进行。