mysql数据文件ibdata1大小如何优化

大家好，我的电脑因为玩游戏导致中病毒，引起电脑中各种软件无法正常使用，其中包括mysql和tomcat，后来杀毒发现是tcp/ip协议被破坏。
我中间查找了很多原因，最终导致mysql被我卸了又装，装了又卸。包括5.6，5.5，我电脑的东西比较乱，前年装了5.5，去年装了5.6和他的一系列工具，比如workbench等，去年又装wampserver自带了一个mysql，所以月搞越乱。我卸载思路如下：
1.先从控制面板卸载
2.删除C盘隐藏的缓存文件
3.删除服务
4.循环删除注册表
5.删除残留文件
按照这个步骤卸载之后，我重新安装了mysql5.6的server部分
安装之后，我把新的data部分备份，然后用旧的data文件覆盖新的，这样可以使用了，但是用navicate连接的时候，每一个操作都非常缓慢，我是本地操作。不过用了几天之后发现速度有所好转。
现在的问题是，以前的那个ibdata1文件太大，有1G多，我几乎没数据量，就一些100多个表而已，应该要不了多少空间的，所以想看看怎么优化他

我是个菜鸟，只知道简单使用，优化方面一窍不通，希望各位高手指点指点我！