私有云的资源池如何与传统的HA双机软件、数据库等软件进行整合

取决于你用的传统的HA机制是否还需要在私有云里面使用。如果这块功能 私有云已经帮你实现了，是不是可以考虑裁剪一下，而不是硬塞？

为啥要把数据库跑在虚拟层...

云的初衷也是便于管理，系统层HA能避免一些系统或应用层面的单点故障，但是提高了整体架构的复杂性，总体来看还是尽量避免在这种重叠的情况。